Afhankelijk van welk soort antibiotica kan dit kloppen.
Sommige antibiotica werken tegen grote groepen bacteriën en doden of remmen de groei van goede bacteriën dus ook.
Maar er zijn ook antibiotica die echt gericht zijn op maar enkele soorten bacteriën.
Het is zo dat antibiotica pas voorgeschreven zullen worden indien het echt nodig is en de nadelen niet opwegen tegen de voordelen. Daarom is het ook belangrijk om een antibiotica kuur altijd af te maken, anders kweek/selecteer je de slechte bacteriën uit en zal antibiotica in de toekomst niet meer helpen (ook bij andere paarden na uitwisseling van de resistente bacteriën)
Antibiotica komen in het spel daar waar het eigen immuunsysteem het niet meer in zijn eentje kan redden.