gemske schreef:Als ik dan een vervolgvraag mag stellen: hoe werkt dit praktisch gezien? Dus het knip/plakwerk van de gedeeltes van het molecuul, het aan elkaar knopen etc. Hoe doen ze dat? En is dat van te voren te bedenken hoe je een extra stukje op de juiste plek in kan voegen?
Dat heeft allemaal te maken met de synthese van het molecuul. Als je zo’n molecuul ontworpen hebt, dus je weet wat je eindproduct moet worden, maakt men vaak een retrosynthese, waarbij je als het ware het eindproduct (op papier) analyseert en gaat kijken met welke startmaterialen je het zou kunnen maken. Denkbeeldig knip je het eindproduct in stukjes, steeds kleiner, totdat je bij moleculen aankomt waar je makkelijk aan kan komen. Ofwel door ze te kopen, ofwel ze te maken uit andere stoffen. Dit kun je bijvoorbeeld voorstellen door het eindproduct als puzzel te zien, bestaande uit een aantal puzzelstukjes, waarbij je kijkt hoe veel puzzelstukjes het dan zijn en welke vorm ze dan hebben.
Het “knippen” van zo’n molecuul moet in een bepaalde volgorde gebeuren, omdat meerdere chemische groepen met elkaar kunnen reageren. Denk bijvoorbeeld aan dat twee verschillende puzzelstukjes op dezelfde plek passen.
Op het moment dat je retrosynthese in orde is, kun je vanaf de startmaterialen gaan redeneren richting het eindproduct (de synthese). Hier bedenk je wat voor stoffen je nodig hebt om de verschillende puzzelstukjes als het ware in elkaar te klikken.
Vaak is het wel bekend welke specifieke chemische groepen met elkaar reageren en tot welke resultaten dat leidt (bijvoorbeeld een (carbon)zuur met een amine wordt een amide). Die informatie haal je vaak uit de literatuur of weet je uit ervaring en gebruik je om je synthese te bedenken.
Als je synthese er op papier veelbelovend uitziet kun je in principe beginnen met het daadwerkelijk maken van het molecuul in praktijk! Ook hier kom je toch vaak wat hobbels tegen. Niet elke reactie zal zo goed werken als je misschien had gedacht. Maar soms kunnen reacties je ook positief verrassen.
Op het moment dat je dus inderdaad zo’n molecuul er in wil “plakken”, zul je helaas vaak (en nee, echt niet altijd) je synthese moeten herzien. Soms moet je echt de volgorde van je synthese helemaal moeten veranderen omdat je er een stukje tussen wil hebben. In sommige gevallen moet je een ander startmateriaal gebruiken.
Dit is natuurlijk redelijk “simpel” uitgelegd. In het echt ligt het iets gecompliceerder. Het kan jaren duren om één specifiek molecuul te maken. Het is vaak erg lastig omdat het in de praktijk niet altijd (lees: in mijn ervaring vaak niet) zo goed werkt als op papier.
Ik hoop dat dit je vraag heeft beantwoord

Ik vond het best lastig om niet veel te ingewikkeld uit te leggen.