Heb je je voetnoten als echte voetnoten aangemaakt? Dus bij Invoegen -> Voettekst. Ligt er trouwens wel aan welke Word-versie je hebt, want als je een andere hebt dan 2013 dan gaat dat anders.
Die hoofdletters kan je doen door de tekst te selecteren, rechtsklikken -> Lettertype -> Klein kapitaal aanvinken -> Ok.